L’archipel fut découvert le dimanche 12 février 1772 par le navigateur français Yves Joseph de Kerguelen de Trémarec et 4 ans après par James Cook en 1776.
Le marin britannique John Nunn fit naufrage sur l’archipel en août 1825. Nunn et ses trois équipiers restèrent bloqués sur l’île jusqu’à leur sauvetage en février 1827.
En 1893, l’aviso français Eure prend officiellement possession des îles Kerguelen au nom de la France. La même année, le gouvernement concède aux frères Henry et René-Émile Bossière l’exploitation de Kerguelen pour cinquante ans.
En 1908–1909 (à bord du J.-B.-Charcot) puis en 1913–1914 (avec la Curieuse), Raymond Rallier du Baty et son frère Henri explorent les rivages, les baies et les terres de l’archipel.
Le géologue Edgar Aubert de la Rüe assisté par son épouse Andrée entreprend l’étude géologique et géographique de l’archipel lors de quatre campagnes (1928–1929, 1931, 1949–1950, 1952).
La station permanente de Port-aux-Français créée en 1950 a permis une étude détaillée de l’environnement géophysique, géologique et des biologies animales marines, terrestres et végétales
